Einen Beweis für eine eindeutige Ursache der Erkrankung gibt es bisher nicht. Man findet im Inneren eines Sinus pilonidalis häufig lange abgebrochene Haare, die durch kleine Poren in der Haut in die Tiefe gewandert sind. Diese Haare stellen unter der Haut für den Körper einen Fremdkörper dar. Sie führen, da sie mit Bakterien verunreinigt sind, häufig zu einer eitrigen Entzündung.
Die kleinen Poren kann man bei genauer Betrachtung der Gesäßfurche erkennen, manchmal sieht man auch die Haare aus diesen Poren herausspitzen und kann sie dann mit einer Pinzette sogar herausziehen. Eine Theorie besagt, dass durch das Zusammenpressen des Gesäßes beim Sitzen und das Nachlassen des Druckes beim Aufstehen eine Art Pumpmechanismus in Gang gesetzt wird und die Haare aus der Umgebung in die kleinen vorhandenen Poren eingesaugt werden. Man hat an den Haaren auch Widerhaken entdeckt, die verhindern, dass die eingesaugten Haare auf gleichem Wege wieder ausgeschieden werden.