Die Behandlung richtet sich nach der Ausprägung der Erkrankung. Solange noch kein größerer Abszess (Steißbeinabszess) besteht, was sich durch die klinische Untersuchung, gegebenenfalls auch unter Zuhilfenahme einer Ultraschalluntersuchung feststellen lässt, kann die Entzündung zunächst konservativ, das heißt ohne Operation gebessert werden.
Äußerlich helfen feuchte Umschläge und regelmäßige Desinfektion der Steißbeinfurche um das Einwandern zusätzlicher Keime durch die offenen Poren zu verringern. Innerlich werden Antibiotika verabreicht.In vielen Fällen ist es so möglich die Situation gut zu beruhigen. Danach kann die zur Heilung erforderliche Operation vorgenommen werden. Zeigt die erste Untersuchung bereits einen Steißbeinabszess mit einer größeren Eiteransammlung, gelingt die Ausheilung der Entzündung am schnellsten durch einen kleinen Schnitt, der in geeigneten Fällen schmerzfrei in örtlicher Betäubung oder bei stärkerer Ausprägung des Befundes in Vollnarkose vorgenommen wird.
Bei diesem Eingriff wird das bereits zerstörte Gewebe entfernt, der Sinus pilonidalis wird nicht ausgeschnitten und es verbleibt auch keine große Wunde. Über den kleinen Schnitt wird die Wundhöhle in den nächsten Tagen regelmäßig vom Arzt gespült und verschließt sich innerhalb weniger Tage ab. Eine endgültige Heilung ist dadurch noch nicht erreicht, sondern man schafft lediglich optimale Voraussetzungen für die zur dauerhaften Heilung erforderliche plastische Operation.
Zur endgültigen Beseitigung einer Sinus pilonidalis Erkrankung bietet sich die Operation nach Karydakis oder deren Modifikation nach Bascom an. Prinzip dieses Eingriffs ist die Abflachung der Gesäßfurche im oberen Drittel um den Pumpeffekt beim Sitzen und Aufstehen zu verringern. Weiter wird bei diesem Eingriff die entstehende Operationsnarbe nicht in die Gesäßfurche sondern neben die Gesäßfurche gelegt, so dass vom Rücken herabrinnender Schweiß nicht über die Wunde bzw. spätere Narbe läuft und diese schädigen kann.